启东全境系长江口不同时期河相、海相沉积平原。汉朝以前，这里还是江口海域；清代中叶前，长江口崇明北侧陆续涨出小沙洲，至清末连成一片。因成陆参差，因而曾分属三个县管辖。北部吕四地区，宋、元、明、清时属海门，1912-1942年间属南通县；中部原属海门县；南部原属崇明，称祟明外沙。1928年3月，南部崇明外沙改设启东县。因本县在江北大陆最东端，且沙洲还在向东接涨，乃有“启吾东疆”之意。1989年11月启东撤县建市。