江苏省启东经济开发区管理委员会内设一办八局：办公室、党群工作局、经济发展局、招商局、规划建设局、财政局、社区管理局、统计局、安全生产监督管理局，另设立纪工委（监察室）。设置直属机构1个：启东科技科创园（留学人员创业园）管理办公室。

另有启东市市级派驻机构5个：市场监管局开发区分局；市国土资源启东开发区分局；开发区司法所；开发区法庭；市城市管理综合执法大队启东经济开发区中队。