吕四港镇党委、政府设下列职能机构：
(一)综合办公室。负责镇党委、政府综合协调、后勤保障、政务监督等工作；负责镇机关文秘、档案、保密、政务公开等日常事务工作；负责综合性文件文稿、管理制度的起草制订等工作；负责镇域范围内各个领域各类信息资源的汇聚共享、智能搜索、分析研判、监测预警、联动指挥、行政问效等工作；做好重大突发事件的应急处置和指挥调度工作；负责综合网格统一划分设置，加强网格员力量配备与管理，建立健全网格化责任落实机制，推进网格化服务管理标准化建设。
(二)党建工作办公室。负责党的政治建设、思想建设、组织建设、作风建设和纪律建设；负责机构编制、群团建设、干部人事、人才引智等工作；负责宣传、统战、人武、民族宗教和精神文明建设等工作；负责镇各类人员工资福利、职称评定、考核奖惩等工作；负责老干部、关心下一代及其他相关工作。
(三)政法和社会管理办公室。负责辖区社会稳定、社会管理和社会事务工作；健全基层社会管理体系，负责社会稳定风险评估、群防群治、矛盾调解和信访工作；指导促进村(社区)开展平安建设、法治建设；常态化开展扫黑除恶斗争；负责组织协调有关部门做好特殊人群和流动人口管理服务、预防青少年违法犯罪、刑释解教人员安置帮教、社区矫正、禁毒、国家安全和人民防线、反邪教工作；负责政府法治工作，推进依法行政，承办行政复议、诉讼等事项，做好法治宣传等工作；协助做好网格化服务管理工作。
(四)经济发展办公室。承担辖区经济建设工作；负责拟定全镇经济发展计划、政策制定并组织实施；负责优化经济发展环境，统筹协调投资服务、服务业发展、工业经济、科技管理，协调项目建设服务、开放型经济、民营经济、第三产业发展工作；负责招商引资、项目论证和项目建设等相关工作；负责经济社会发展指标统计报表的编制、国民经济、社会发展情况统计监测、预测分析，扎口统计资料的收集、汇总和上报工作；负责制定实施人才资源发展规划；负责科技创新等工作。
(五)财政工作办公室。贯彻执行有关财政法律、法规和财经制度；负责编制并执行年度财政收支计划和收支决算；负责基础设施建设项目、征用土地、拆迁和其他项目所需资金的筹措；负责资金的回收、调度、平衡和融资工作；管理财政资金，提高使用效益；负责各项税费、基金的收缴、管理和监督工作；负责管理机关行政事业经费，做好机关采购项目的管理工作；负责辖区内公有资产管理；负责涉农收费价格的监督；负责编制财务报表，分析财务运行情况，为领导决策服务；负责财务监督和审计工作。
(六)建设工作办公室。承担村镇建设管理和生态环境保护工作；负责综合管理村镇规划建设和公共基础设施建设等工作；负责办理建设项目相关业务；负责基础设施项目的设计和质量监督管理、建设工程档案管理等相关工作；负责人防工作；负责协调、指导物业管理工作；负责房屋征收、土地征用等工作；负责全镇污染防治攻坚战的综合部署、任务下达与督查推进工作，承担生态建设、环境治理等相关工作。
(七)综合行政执法和安全生产监督管理办公室。负责辖区内综合行政执法；落实行政执法责任制和三项制度；依法行使相关行政处罚权及与行政处罚相关的行政强制措施权和监督检查权；协调配合市级执法机构在辖区内开展联合执法；贯彻执行应急管理方针政策、法律法规和上级应急管理部门的安排部署，向社会公众普及各类灾害事故的知识和防范应对基本技能；统筹协调辖区内安全生产和消防安全工作，协助市级消防救援部门和公安派出所依法履行消防安全监督管理职责；负责安全生产和自然灾害防治方面的综合管理职责，指导协调森林火灾、水旱灾害、地震和地质灾害等防治工作，排查辨识辖区内自然灾害和安全生产风险隐患，建立风险隐患台账和数据库，制定风险隐患管控治理措施，及时防范化解风险隐患，及时发布风险隐患监测预警，及时报告重大风险隐患和非法违法行为；组织制定应急救援预案，并定期组织应急救援演练；负责按照有关规定配备、使用、管理应急物资、救援装备；落实应急值守制度，第一时间报告灾害事故信息，第一时间开展救援处置，第一时间组织自救互救和疏散群众；负责组织辖区内自然灾害灾情统计报送、灾情核查、灾害损失评估和救助管理等工作；负责对本行政区域或者管理区域内安全生产、应急抢险、灾害救助和防震减灾等方面的监督检查工作；负责指导行政村(社区)应急管理、安全生产和防灾减灾救灾等工作。
(八)农村工作办公室。负责农业农村发展、新农村建设工作；负责巩固拓展脱贫致富奔小康成果有关工作；负责农村集体经济发展管理工作；负责农村集体三资管理、村级财务管理、农村合作组织建设、土地承包、土地流转等工作；负责农村宅基地改革和管理有关工作；负责农业综合开发和管理工作；负责农村环境综合整治和长效管理工作；组织协调农村水利工作；组织开展农村绿化和动物疫病预防工作；负责渔业生产监管、渔港建设管理、安全监督、培训服务等工作。
(九)社会事业发展办公室(退役军人服务站)。负责指导基层自治、社区建设管理及考核工作；负责教育体育、民政优抚、劳动就业、社会保障、公共文化、卫生健康、食品药品监督、残疾人保护等社会事业工作；负责退役军人服务管理工作。
(十)便民服务中心。负责市级赋权和镇职权范围内的行政许可、公共服务等事项的受理、审核和审批；负责辖区内政务服务日常管理工作，简化工作流程，规范便民服务，推进“不见面审批(服务)”改革；负责制定实施各项政务服务制度和管理办法；负责指导和管理村(社区)便民服务点工作，落实帮办代办代缴代理等服务机制，构建镇、村(社区)两级便民服务体系；负责公共资源交易管理等工作。
按照有关法律、法规和政策规定，设置吕四港镇人大、纪委、工会、共青团、妇联、人武部。建立基层政协联络工作机制。